각자 다른 툴을 쓰면 빌드가 안되는 일이 매우 자주 일어날 겁니다.
툴은 통일해서 사용하세요. 기왕이면 그 툴 내부의 설정까지도 동일하게 맞춰서 작업하시는 게 좋습니다.
한쪽에서 빌드 되는데, 다른 쪽에서 빌드 안되는 문제 잡느라 대부분의 시간을 쓰지 마세요.
안드로이드 스튜디오 불편하지 않습니다.
저도 이클립스에서만 개발하다가 스튜디오로 옮겨왔는데, 처음에는 익숙하지 않은 툴이라 불편함을 느꼈지만 시간이 좀 지나니 안드로이드 스튜디오가 개발하기에 더 좋다는 것을 느낍니다.
최근 오픈소스 중에는 안드로이드 스튜디오만 지원하는 것들도 많습니다. 예전 프로젝트들 중에는 그 반대인 경우도 있지만, 이클립스->안드로이드 스튜디오로 이전하기 위한 도구는 많습니다.
제가 몰라서 그러는 것일수도 있지만, 안드로이드 스튜디오 -> 이클립스로 이전하는 도구는 아직 못 봤습니다.
기왕 통일하신다면 안드로이드 스튜디오로 통일하시길....(구글에서도 언젠가 이클립스 지원은 중단할거라고 어디선가 본 것 같네요)