ffmpeg 버젼도 계속 바뀌고 ndk 쪽 코드도 계속 바끼다 보니 , 약간씩 수정해 줘야 하는 부분이 다소 있어 문제 없이 동작되는 예제를 찾아드리기 어렵네요.
아래 링크를 참조 해 보세요.
https://trac.ffmpeg.org/wiki/CompilationGuide/Android