추출은 젤리빈 이상이면 http://developer.android.com/reference/android/media/MediaExtractor.html 를 사용하시면 됩니다만
인코딩을 제공하는 java api가 없습니다. ffmpeg를 같은 라이브러리를 사용하여 인코딩하셔야 할 겁니다.
