레이아웃과 액티비티는 실제로 하드(?)한 연관관계가 없습니다.
main_activity.xml 이라는 레이아웃을 만들었다고 해서 꼭 MainActivity.java 에서 해당 레이아웃을 반드시 불러다쓰는건 아니라는거지요...
액티비티에 어떤 레이아웃을 입힐지는 주로 setContentView() 라는 함수를 통해서 이루어집니다.
레이아웃과 액티비티 setContentView() 에 대해서 조금만 검색해보시면 이 부분은 이해하실 수 있을꺼라 생각합니다.
더불어 LayoutInflater 의 inflate() 함수에 대해서도 같이 찾아보시면 좋겠지요.
주제넘은소리겠지만 6개월차 개발자라고 하셨으니 단기간에 많은것을 배우고 익혀야 하고, 그러다 보니 마음이 앞서는것도 어쩔 수 없겠지만 자신이 사용하는 함수나 클래스들이 대략적으로라도 어떤역할을 하는지 하나하나 공부하면서 진행하신다면 훨신 도움이되시지 않을까 싶습니다.