두 분이 먼저 답변을 해주셨는데, 다 맞는 말이네요
질문자 분이 "전반적인 과정을 책, 구글링, 구글 앱 엔진 사이트 등에서 확인하고 있는데 자세하게 알지 못하여 접근하는 방법부터 알아야 할 단계입니다."라고 하셨는데, 질문 내용은 확인하시지 않은 것 같습니다.
구글 앱엔진이라는 이름때문에 앱에 내장될 것이라고 생각하시면 안됩니다. 먼저 답변을 해주신 분 말씀처럼 웹서버의 기능을 제공하는 것이기 때문입니다. 다만, 일반적인 웹서버나 호스팅과의 차이점이라면 대역폭이 늘어나든, 저장공간이 늘어나든 신경쓰지 않아도 된다는 겁니다. 물론 저장공간과 대역폭에 따라 비용이 올라갑니다(공짜가 아니예요!! 개발과 테스트 용도로 쓸 정도면 공짜로 제공하는 양으로도 가능하지만, 실제 서비스를 하기엔 적어서 유료 결제해야 합니다)
웹서버의 기능을 하기때문에, 앱에서는 서버와 통신하는 부분이 필요합니다. 실제로는 서버가 GAE(구글 앱엔진)으로 만들어진 것인지 리눅스-아파치 서버인지 윈도우 서버인지 알 필요도 없습니다. 그냥 정해진 web api를 호출하면 되는거죠
1,2번 질문 모두 웹서버와 통신하는 것과 같다라는 답변이 되겠습니다.
GAE쪽 프로그래밍은 자바, 파이썬, PHP, Go(구글에서 만든 언어)로 가능합니다
구글 앱 엔진 사이트가 제일 자세하니 그걸 쭉 읽어보시면 될거구요.
web api만 잘 만들어 두면, 이후에 서버 쪽을 GAE에서 아마존이나 호스팅 등으로 변경해도 앱에 변경없이 이용 가능합니다.
단점이라고 한다면, 구글 앱엔진 API를 이용하기 때문에 다른 곳으로 서버 이전할 경우, 변경량이 많거나 아예 다시 작성해야 한다는 겁니다. 호스팅이나 직접 운영하는 경우에는 서버 간의 환경설정만 맞춰주는 정도로 끝날 수도 있는데 말이죠.