exe 파일로 하는 것을보니 Windows 머신인것 같구요. nodejs가 무엇인지는 모르시는것 같구요. 타이머 처리는 어떻게 한다는건지 확실치 않고 서버 자체에서 무엇을 처리하려고 하는지도 질문상으로 확실치 않네요. 어쨋든 대략 해결책은 두개 입니다.
1. 데이터 갱신하는 프로그램을 메모리 부족을 만들지 않도록 제대로 만든다.
2. 윈도PC 자동 재시작 프로그램을 사용한다. (찾아보세요 있습니다)
메모리 문제 못잡아서 서버 주기적으로 새벽에 재시작시키는 경우 종종 있긴합니다.