간단한 구조체 형식이라면 object 에 대응하는 parcel java class를 만들어서 사용하시는게 좋으며,
object 자체를 이용한 연산이 필요할 경우 포인터를 java Method에 long(64bit지원을 위함)형식으로 저장해두었다가 object를 사용하여 특정 데이터를 구해야할때 JNI인터페이스를 만들어서 해당 메소드에서 A* a = (A*)jlong 와 같이 오브젝트를 캐스팅 해서 사용하시면 됩니다.