경로 이슈로 보입니다. cygwin에서 D:/ndk/android-ndk-r11c/toolchains/arm-linux-androideabi-4.9/prebuilt/windows-x86_64/bin/arm-linux-androideabi-gcc 로 실행시 gcc가 실행되는지 확인 해 보세요..
별도 경로 설정을 하지 않으셨고, d가 마운팅 되어 있다면, cygwin에서 경로는 D: 같은게 아니라 /cygdrive/d 같은형식이 되어야 할겁니다.
그리고 configure 시에도 ffmpeg 소스를 못 찾는듯 한데, 경로가 맞는지 확인 해 보세요.