빈파일을 만드는건 아무 의미 없는 일이구 ffmpeg를 통해 컨테이너 변환을 하는게 제일 좋을 듯 합니다. trans coding을 하는 것이 아니라. 구조만 바꾸는거라 속도 이슈도 없습니다.
MediaMuxer 를 이용하는 방법도 있긴 한데, 안드로이드에서 제공하는 먹서는 오디오가 mp3인것을 공식적으로 지원하지 않아서, MediaCodec, MediaExtractor를 이용해 mp3를 aac로 변환해서 넣어야 하거든요...