angular.module을 여러번 정의하는 것은 큰 문제가 없습니다만 디펜던시가 어떻게 설정되는지는 알고 계셔야 합니다.
http://docs.angularjs.org/api/angular.module
에서 두번째 파라미터 requires에 인자가 전달되면 새로운 모듈이 생성되고, 만약 두번째 인자가 전달되지 않으면 기존에 생성된 모듈을 반환합니다. 즉 디펜던시는 단 한번 처음 정의할때 잘 넣어주셔야하고 그 다음부터는 name만 전달해서 받아와서 사용합니다.
그래서 가장 먼저 로딩되는 app.js 에 모든 모듈을 정의하고
angular.module('myApp', ['myDep']);
angular.module('myDep');
각 conroller, service등의 파일에서는 정의된 모듈을 불러와서 사용합니다.
angular.module('myDep').controller('MyCtrl', function () {
});