새프로젝트를 생성하면 자동으로 build.gradle이 두개 생성됩니다. 하나는 프로젝트 폴더에, 다른 하나는 project/app폴더 안에 생성됩니다. Gradle을 사용하는 안드로이드 프로젝트라면 build.gradle이 두개 있어야 정상이라고 보시면 됩니다.
Maven, Ant같은 프로젝트를 Gradle로 포팅하는게 아니라면 build.gradle을 수동으로 만드는 것 뭔가 이상합니다. 만약 다른 타입의 프로젝트를 마이그레이션 하는데 필요해서 만드는 거라면 새파일로 해서 build.gradle로 이름을 주시면 됩니다.
