별도로 등록을 하셔서 처리하실 수도 있고, 아니면 같은 프로젝트 안에서 senderId와 서버키를 하나 더 생생하셔서 따로 따로 사용하시거나 FirebaseMessageService를 상속받으셔서 그 안에서 님이 필터링할 메세지만 처리하도록 변경하실 수도 있습니다. 따라서 이 경우는 메세지를 구분이 가도록 값을 구성하시면 좀 더 처리하시기가 수월하겠죠.
두번째 방법은 google service.json 파일이 프로젝트 단위이므로, 내 서버가 특정키만 사용하도록 메세지를 중개하거나, 앱에서 특정 키값만 사용하도록 동적으로 파이어베이스를 초기화셔야 할 겁니다.