혹시 application ID값에 의존하는 코드가 있는지 체크해 보세요. 예를 들면 notification, Firebase, 써드파티 라이브러리 라던지 말이죠. 일단은 해당 application id로 검색해 보시고, 패키지 이름을 요구하는 라이브러리나 코드가 있는지 체크하세요. 무엇보다도 로그가 있으시면, 로그를 보시면도움이 되겠죠.
그리고 대부분 이런 외부 라이브러리들은 개발용, 프로덕션용 설정이 별도로 존재합니다. 따라서 application ID를 개발용과 프로덕션용으로 구분해서 등록해야하는 경우가 대부분입니다.