preferences 값은 앱에 종속되는 값이며, 다른 변수를 사용한다고 해서 두개를 사용할 수는 없습니다.
어차피 preference를 가져올때 같은 인스턴스를 가져오니까요. 데이터마다 각 다른 key값을 이용하여 저장하고 사용하시면 될 듯합니다. 저장소가 두 개 일 필요는 없으니까요. 데이터 항목이 많고 관리할 필요가 있다면 DB를 사용하시는 것을 추천합니다. 다만 DB를 사용하게 되면 마이그레이션 및 예외처리부분이 들어가야합니다. 안드로이드 디벨로퍼 사이트에 검색하시면 자세히 나오니 살펴보셔요 ^^