체크박스의 체크여부를 저장하는 Array를 만들어서 관리하셔야합니다.
리스트뷰에 txt파일 목록을 보여주기 위해서 String 단순 배열이나 Arraylist가 있으실텐데요.
체크박스 상태를 관리하는 Arraylist를 따로 만드시거나, 리스트뷰 각 아이템을 위한 데이터 클래스를 만드시고
해당 클래스 형식의 Arraylist를 만드시면 됩니다. 그리고 각각 체크박스 체크, 해제 하실때마다 ArrayList에 변경값을 반영해주시고, 체크된 아이템들만 가져오시면 되겠지요.
데이터 클래스 예)
public class TextFile{
String fileName;
boolean checkState;
//생성자 및 get, set 생략
}