Android Framework에 보면 PopupWindow 객체로 위 메뉴가 생성되어 있는 것 같습니다.
개발자가 개발한 앱에서 callback을 적용하는 시점은 이미 PopupWindow 객체가 완성된 이후입니다.
따라서 아무리 삭제 명령을 내려도 이미 완성되었기 때문에? 지워지지 않을 것이구요.
menu.removeItem 명령어로 메뉴를 지울 수 있는건 Context 메뉴를 말하는 것 같은데
해당 메소드는 이미 완성된 PopupWindow 객체를 변하게 하지는 않는 듯 싶습니다.
시도 해볼만 방법이 좀 있긴하지만 복잡해서 추천드리진 않습니다.