local storage나 web sql 등으로 공통적인 저장값 관리가 가능하긴합니다만...
안드로이드의 경우 GCM 받는 부분에서 해당 WebView 에 스크립트 처리 하여 저장해야됩니다.
이경우 WebView 가 static 하게 되어야 저장이 가능할것 같은데 이리 생각하면 별로 좋은 방법은 아니지요.
Sqlite 등에 저장해두고 앱이 실행되면 webview 가 sqlite 에 수신여부 갱신된값을 보여주는 식이 좋을것 같네요.
iOS 의 경우에는 제가 잘 기억이 안나는데 일반적으로 APNS 수신시 얼럿을 띄워주는것 이외에 다른 동작을 하기가 거의 힘들었던것으로 기억합니다. 권한문제가 있어서 백그라운드 동작중에 뭘 할수가 없거든요..
그래서 보통 iOS 는 APNS 가 99.9 퍼센트 확률로 도착한다고(걍 믿는..) 가정하고 코딩하지요.