아래 사이트에 간략하게나마 설명이 되어 있습니다.
http://www.itworld.co.kr/news/95791?page=0,1
일단 가장큰 차이점은 기본 html, 리소스, css 등을 포함하고 있느냐 아니냐의 차이인것 같습니다.
모바일의 경우 데이타 트래픽에 민감한 사람들이 많으므로 크게 문제가 될 것 같습니다.
또한 개발자 입장에서는 연동을 하려면 최소한 자바나 오브젝티브씨등에 대한 이해가 필요하나, 폰갭이나 코르도바의 경우 제공하는 플러긴으로 자바나 오브젝티브씨와 상관없이 구현이 가능한 것으로 알고 있습니다.
대표적으로 푸시메시지 같은 것이 되겠네요.