서버에서 앱으로 새 메시지가 있다는 푸시 메시지를 발송하고,앱에서 푸시 메시지 받으면 서버에 접속하여 그 동안 수신하지 않은 전체 메시지를 가져오는 방법으로 처리해보세요.위와 같이 처리하면 GCM 메시지가 누락되더라도 다음 번에 메시지를 수신하면 수신하지 않은 전체 메시지를 가져오게 됩니다.
또는 앱 실행 시 일단 미수신 메시지를 한 번 가져오게 해도 좋구요.