윈도우에서 프로젝트 설정을 통해 사용하는 문자셋을 따로 지정하지 않는다면 MS949로 저장될겁니다.
AndroidStudiod에서는 UTF8이 기본일겁니다. MS949로 다시 로드한다면 한글이 제대로 보일겁니다.
친절히 설명된 블로그가 있어 링크합니다.
http://answerofgod.tistory.com/entry/android-studio-한글깨짐-수정