개발자 문서에서 퍼왔습니다.
FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP
If set, and the activity being launched is already running in the current task, then instead of launching a new instance of that activity, all of the other activities on top of it will be closed and this Intent will be delivered to the (now on top) old activity as a new Intent.
제 생각으로는 두가지 옵션이 결합되어서 기존 백스택에 있는 액티비티들을 다 닫고 있는 것 같습니다. 해당 옵션을 주석처리하고 실행해보시면 차이를 확연히 알 수 있겠네요.