자답입니다.
서버에서 FCM 전송시 알림메시지(notification)와 데이터메시지(data) 두가지 모두를 전송하였고,
이럴 경우 알림메시지로 수신되고 알림메시지는 백그라운드 상태일때 페이로드 처리(onMessageReceived)가 안되는군요.
그렇다고 데이터메시지로만 보내면 iOS에서 메시지 수신이 안됩니다.
그래서, 푸시 클릭시 인텐트로 넘어온 data메시지 안의 정보를 MainActivity 안에서 다시 처리하는 방식으 해결하였습니다.