대략 아래와 같은 과정을 수행하시면 될 듯 합니다.
1.  
http://naver.com 같은 데이터를  AES, RSA 암호화 후 base64 인코딩하여, adfafageat== 같은 문자로 만듬
2. 1번으로 만든 문자앞에 구분자를 추가하여 myCustom://adfafageat== 같은 값을 갖는 qr code 생성
3. qr code 스캔 시 myCustom://  문자가 나오면,  뒤의 adfafageat== 문자를 base64 디코딩 한 후 복호화
(myCustom:// 같은 문자가 없으면,  복호화 하지 않고, 기존대로 동작)
4. 3번으로 복호화 한 데이터 (
http://naver.com)  를 상황에 맞춰 사용..